Os acusados Jean de 25 anos e Cleiton, de 26, estavam cumprindo pena no regime semiaberto no Centro de Progressão Penitenciária (CPP) de Rio Preto, estavam na cidade de Santa Fé do Sul naquelee 26 de março, na época de saída temporária em razão do período da Páscoa.
Segunto relato de uma testemunha, os agressores eram desafetos de Rafael, e segundo as investigações, apurou-se que Rafael na época estaria mantendo um relacionamento com a ex-mulher de um dos detentos, que supostamente prometera que quando saísse da cadeia, iria matá-lo.
Uma testemunha disse que no dia do crime teria avistado os acusados agredindo Rafael com socos e um objeto ficando desacordado no local. Após evadirem, deixando Rafael caído, os investigados retornaram ao local alguns minutos depois e colocaram Rafael dentro de um veículo próximo da Praça Japonesa, localizada na Avenida Rio Paraná. Os autores teriam se dirigido a um outro local próximo das agressões e atirado o corpo de Rafael no Córrego.
O corpo de Rafael foi encontrado por um proprietário rural e na noite do do crime choveu bastante e a correnteza arrastou o corpo da vítima até um sítio próximo da Lagoa de Tratamento do SAAE, a um quilômetro de onde o corpo foi jogado de uma ponte.